Po Ustavu Islamske zajednice, Medžlis je organizaciona jedinica sa najmanje sedam džemata. Medžlis IZ-e Zenica je jedan od većih Medžlisa u Bosni i Hercegovini koji broji 75 džemata na svom području.

Zbog veličine i mnogobrojnih aktivnosti, u Medžlisu djeluju tri službe i to: vjersko-prosvjetna služba sa imamima medžlisa na čelu sa glavnim imamom Jakub ef. Salkicom; zatim administrativno-pravna i finansijska služba na čelu sa predsjednikom, gospodinom Muhamedom Begagićem.

Upravljačku strukturu Medžlisa čine: Skupština i Izvršni odbor. Skupštinu Medžlisa sačinjavaju članovi izabrani u svim džematima i to: 2 člana – džemati do 200 članova i 3 člana – džemati preko 200 članova. Izvršni odbor Medžlisa Zenica ima 15 članova, od čega je 14 izabrano na izborima u decembru 2014. godine na mandatni period od 4 godine, dok je glavni imam član Izvršnog odbora po položaju.

Na imamsko-hatibskim i muallimskim poslovima, profesionalno i honorarno je angažirano 75 vjerskih službenika i jedna muallima. Kvalifikaciona struktura imamskog kadra se, iz godine u godinu, popravlja tako da od 75 angažiranih vjerskih službenika imamo jednog doktora islamskih nauka, 5 magistara islamskih nauka, 23 ima visoku stručnu spremu, 2 višu, a 45 srednju stručnu spremu.