Sa svojom rukopisnom, arhivskom i bibliotečkom građom, bila je to jedinstvena naučnoistraživačka institucija na Balkanu. Rukopisna zbirka sa 5263 kodeksa na arapskom, turskom i perzijskom jeziku, Manuscripta turcica, zbirka sidžila, Vilajetski arhiv sa preko 200.000 dokumenata, zbirka tapija i preko 15.000 knjiga - sve je to nestalo za jedan dan. Statističari su izmjerili da se od toga sačuvalo manje od 1% ranije čuvanog materijala.

Rad u Institutu organiziran je u Historijskom odjeljenju, Filološkom odjeljenju i Referatu za orijentalno-islamsku kulturu i civilizaciju. Bavi se obradom i publikovanjem rukopisne i arhivske građe na arapskom, turskom i perzijskom jeziku, te proučavanjem orijentalnih jezika i književnosti. U fokusu je i proučavanje intelektualne historije i kulturno-umjetničke baštine Bosne u doba osmanske vlasti.