Vremenom je svjetionik pretrpio mnoga oštećenja. Posljednja restauracija obavljena je u 9. stoljeću za vrijeme vladavine Ahmeda ibn Tuluna. U razornim zemljotresima koji su se dogodili tokom 11. i 14. stoljeća Faroski svjetionik je uništen do temelja. Arapski putopisac Ibn Batuta je 1349. godine prilikom posjete Aleksandriji zapisao kako je od svjetionika ostala samo gomila kamenja.
U 15. stoljeću je na mjestu drevnog svjetionika izgrađena vojna utvrda, tvrđava Kaitbej. Njenu izgradnju je naložio sultan Sejfudin Kaitbej 1477. godine. Prilikom izgradnje utvrde korištene su mermerne ploče Faroskog svjetionika. Osim utvrde izgrađeni su i obrambeni zidovi s ciljem bolje zaštite priobalnih dijelova Egipta. Smatra se da je ova utvrda u to vrijeme predstavljala najvažnije obrambeno uporište na Mediteranu. Tvrđava Kaitbej je obnovljena krajem prošlog stoljeća i pretvorena je u pomorski muzej.